Что делать с опаздывающими?

Нужно разобраться в целях установленного графика. Если он обусловлен процессами, например, обслуживанием клиентов, то, конечно, такого сотрудника нужно увольнять (исхожу из предположения, что остальные методы уже испробованы). Если сотрудник из офиса, и время прихода просто регламентировано и не имеет чёткого обоснования, то ничего не делать, пусть работает, как хочет.

Реальность такова, что люди — не роботы. И график работы с 9 до 6 не подходит абсолютно всем, равно как и двери высотой 160 см подходят не всем. Контрактуйтесь с сотрудниками процессами и результатами, а не естественным уличным освещением.

Суммировать все опоздания за месяц, и с таким же опозданием выдавать зарплату.

Я опаздывал регулярно. Это не специально, это просто проверка границ. Лечится обычно написанием объяснительных и ознакомлением с приказом о депремировании в связи со систематическими опозданиями. Можно, конечно, не настолько радикально, можно оставить после работы на время опоздания.

Ещё неплохой вариант «опоздавший приносит плюшки на коллектив», после нескольких таких покупок желание тратится пропадет, поскольку сотрудники начнут подшучивать «а завтра с каким вкусом круассаны ждать?». Самое болезненное наказание — это отдать что-то своё, например, те же деньги за угощение коллективу.

За опоздания только дневальных наказывают. Для работников, собственно, должны быть другие критерии их полезности и необходимости в них.